Församling med medeltida ursprung under namnet Klosters församling.
Från 1659 till 1931 var den annexförsamling i pastoratet Eskilstuna stadsförsamling, Fors och Kloster.

1931 upplöstes stadsförsamlingen och delarna öster om Eskilstunaån uppgick i Kloster och bildade Eskilstuna Klosters församling, medan delarna väster om ån slogs ihop med Fors och bildade Eskilstuna Fors församling.

2010 slogs den ihop med Eskilstuna Fors till dagens Eskilstuna församling.
I värdsliga sammanhang består de båda församlingarna fortfarande som separata distrikt.

Kyrkorkivet är fram till 1930-talet gemensam föralla tre delarna under benämningen Eskilstuna, Kloster och Fors kyrkoarkiv.