Ekeby församling var en församling i Boxholms kommun i Östergötlands län. Församlingen har medeltida ursprung. Ur församlingen avsöndrades 1 maj 1880 en del för att uppgå i den då nybildade Blåviks församling. Mellan 1927 och 1986 var församlingen uppdelad i två kyrkobokföringsdistrikt: Ekeby norra kbfd och Ekeby södra kbfd. Församlingen uppgick 2010 tillsammans med övriga församlingar i pastoratet i Boxholms församling.