Brännkyrka församling har meddeltida ursprung. Den är omnämnd tidigast 1314, då under namnet Wantör.
Kyrkan härstammar från slutet av 1100-talet men har varit utsatt för flera bränder och renoverats flera gånger. Vantörs kyrka brann helt eller delvis i början av 1400-talet (det nuvarande namnet dyker upp första gången i en köpehandling från 1425). Vid en brand 1723, den fjärde i ordningen, förstördes inredningen.

Åren 1951-57 var församlingen uppdelad i två kyrkobokföringsdistrikt, Brännkyrka kbfd och Årsta kbfd. 1957 bröts Hägerstens församling och Vantörs församling ut och bildade en egna församlingar, och 1969 bröts på samma sätt Skärholmens församling ut ur Hägersten. Alla fyra är idag självständiga folkbokföringsdistrikt.