Församlingen bildades 1 maj 1888 genom en utbrytning ur Morlanda församling och införlivade samtidigt Fiskebäckskils och Grundsunds församlingar. Från 1962 till 1995 moderförsamling i pastoratet Skaftö, Bokenäs och Dragsmark. Från 1995 till 2023 annexförsamling i pastoratet Lysekil, Lyse och Skaftö. januari 2023 uppgick församlingen i Lysekils södra församling.