Församlingen har medeltida ursprung som stadsförsamling i Lödöse stad. Församlingen införlivade 17 augusti 1473 Sankt Olofs församling efter att Nya Lödöse anlades vid Säveån närmare Göta älvs mynning. Den kallades före 1940 också ibland Gamla Lödöse församling eller stavades SanktPeters församling.
Församlingen uppgick i den nybildade Lödöse församling 2010.