Norra delen av ön bröts ut ur Riala församling 1631 och bildade kapellförsamlingen Norra Ljusterö församling. Södra delen bröts på liknande sätt ut ur Värmdö församling någon gång på 1600-talet och bildade kapellförsamlingen Södra Justerö församling. De båda kapellförsamlingarna slog sedan samman 1869 och bildade tillsammans Ljusterö församling.