Församlingen bildades som stadsförsamling till Enköpings stad omkring 1300 genom en utbrytning ur Vårfrukyrka församling, före 1548 med namnet Sankt Ilians församling.
Under medeltiden fanns i Enköpings två stadskyrkor, Sankt Olof, vilken numera är helt försvunnen, och Sankt Ilian. Sankt Ilian övergavs 1548 när Vårfrukyrkan blev stadskyrka. Sankt Ilians ruin från 1300-talet grävdes ut 1943-1946