Församlingen har medeltida ursprung. Namnet var före 1884 Ystads Sankta Maria församling därefter Ystads stadsförsamling för att 1915 namnändras till Ystads församling.

Ortnamnet omtalas första gången 1244, då som Viistatha 1285 skrivs namnet Ystath. Ett flertal tolkningar av namnet har framförts. Den senaste tolkningen utgår från det äldsta omnämnandet 1244 där förledet är ordet "Vi" med betydelsen '(vikingatida) offerplats'.