Under medeltiden fanns en Sankta Maria församling som omfattade Skara och dess omgivande landsbygd. På 1500-talet bröts Skara landsförsamling ut och Sankta Maria bytte då namn till Skara stadsförsamling.

Dagens församling bildades 1934 under namnet Skara församling genom sammanslagning av landsförsamlingen och stadsförsamlingen. 1974 ändrades namnet till Skara domkyrkoförsamling.