Församlingen har medeltida ursprung. Församlingens namn var till 10 augusti 1967 Linköpings församling. Gottfridsbergs församling avdelades från Linköpings domkyrkoförsamling 1 januari 2006. Detta är en av väldigt få församlingsutbrytningar sedan 2000 när kyrkan skildes från staten. Detta innebar att församlingen inte fick ett motsvarande distrikt från 1 januari 2016, utan den är del av Linköpings domkyrkodistrikt. Församlingskyrka är Ansgarskyrkan.