Färnebo församling bildades troligen på 1400-talet och omfattade ursprungligen stora delar av dagens Filipstads kommun. Tidigt utbröts församlingarna Nyed, Filipstad, Kroppa, Gåsborn och Nordmark.
Församlingen uppgick 1971 i Filipstads församling, till vilken den innan varit annexförsamling och med vilken den hade gemensam kyrka.

Namnet skrevs 1570 Fernnebo och betyder 'de vid Färnsjön boendes socken'. Sjöns namn innehåller växtnamnet färne, 'fräken'.