Församlingen bildades om kring 1600 i samband med att visa delar av Falköpings församling överfördes till Agnestads församling (som då fick namnet Falköpings landsförsamling) och den kvarvarande delen fick namnet Falköpings stadsförsamling.

Delar av landsförsamlingen återfördes 1935 samt 1983 och stadsförsamlingen återfick vid det senare tillfället sitt ursprungliga namn.