Församlingen har medeltida ursprung. Tidigt utbröts Sankt Martins församling. Omkring 1300 utbröts Skänninge församling samtidigt som Sankt Martin införlivades i denna.

Allhelgona socken omger Skänninge och ligger kring Skenaån. Socknen är en uppodlad slättbygd med enstaka kullar. Kända från socknen är gravfält från järnåldern. Två runristningar är antecknade
Namnet (1374, Helgehenä) kommer från den ursprungliga sockenkyrkan, Allhelgonakyrkan, som revs på 1500-talet.